Чрезвычайно сложным и противоречивым в истории Покровского собора было время Второй мировой войны. Оккупационные власти включили Гродно в состав Восточной Пруссии, а Гродненская епархия вошла в подчинение Средне-Европейского митрополичьего округа РПЦЗ. Православные священники стали заложниками сложившейся ситуации. Немцы требовали от духовенства очевидной поддержки своей власти. В тоже время подпольное сопротивление советских партизан и польских военных формирований стремились использовать духовенство в своих целях и диктовали свои условия.
После занятия города немцами и установления оккупационной власти священники собора вынуждены были служить благодарственный молебен об «освобождении» города.
Протоиерей Федор Валиковский
Духовенство Собора под руководством одного из старших священнослужителей протоиерея Федора Валиковского регулярно посещали лагеря для советских военнопленных, приносили продукты, одежду, религиозную литературу. Протоиерей Федор Валиковский оказывал помощь партизанам. Его, и вероятно, других священнослужителей Собора, немцы неоднократно подвергали арестам и допросам. Благодаря вмешательству о. Федора Валиковского удалось спасти от уничтожения деревню Житомля.
Другой священник собора, регент соборного хора – протоиерей Федор Выборнов предоставлял свою квартиру для встреч связных партизанских отрядов. Также неоднократно вызывался на допросы к немцам, но никого из партизанских связных не выдал.
Епископы В.Бобковский и Г..Боришкевич
С 1942 года Гродненскую епископскую кафедру возглавлял епископ Венедикт (Бобковский). В 1943 году настоятель Гродненского кафедрального собора протоиерей Георгий Боришкевич принимает монашеский постриг с именем Григорий, а затем принимает епископский сан и назначается на Гомельскую кафедру. Назначение это было можно сказать формальным, поскольку новорукоположенный епископ Григорий оставался в Гродно и исполнял обязанности настоятеля собора.
Важным событием для жизни Гродненской епархии стало перенесение мощей мученика младенца Гавриила из Минска в Гродно в 1944 году. Мощи мученика были помещены в Гродненском кафедральном соборе.
В 1944 году при отступлении немецких войск Гродно покидают епископ Венедикт и епископ Григорий. Все священники Покровского кафедрального собора остаются на своем месте служения.
При освобождении города советскими войсками завязывается бой с частями отступающей немецкой армии. Здание Собора незначительно пострадало. С крыши были сорваны несколько листов жести. Осколки раскололи несколько стропил и незначительно повредили кровельное покрытие и во многих других местах. Стекла нескольких окон были разбиты.
К концу 1944 года, несмотря на активную помощь партизанам, военнопленным и цивильному населению, практически весь клир Покровского кафедрального собора г. Гродно был арестован органами НКВД. Священники были подвергнуты допросам, суду и длительным срокам заключения в различных лагерях. Некоторые из них в заключении погибли.