По инициативе Высокопреосвященнейшего Филарета, митрополита Минского и Гродненского и решением Священного Синода Русской Православной Церкви, в 1992 году была восстановлена самостоятельная Гродненская епископская кафедра. Это событие ознаменовало начало нового периода в истории Покровского кафедрального собора г. Гродно, как и в целом в истории православия на гродненщине.
Архиепископ Валентин (Мищук)
В 1992 году первым епископом возрожденной Гродненской кафедры стал архиепископ Валентин (Мищук). В этом же году указом архиепископа Валентина настоятелем гродненского Свято-Покровского собора назначается протоиерей Геннадий Иосифович Яблонский – священнослужитель с богатым пастырским опытом, большим авторитетом среди духовенства и верующих г. Гродно.
Протоиерей Геннадий Яблонский
В этот период начинается реорганизация жизни соборного прихода: клир соборного духовенства пополняется новыми священнослужителями, постепенно меняется состав приходского совета, начинается развитие духовно-просветительской активности, после долгих лет запретов появляется возможность решения целого ряда хозяйственных и ремонтно-строительных вопросов.
В сентябре 1992 года по ходатайству архиепископа Гродненского и Волковысского Валентина и архиепископа Белостокского и Гданьского Саввы по благословению Выскопреосвященнейшего митрополита Филарета было принято решения о передаче мощей мученика младенца Гавриила Белостокского из гродненского Свято-Покровского кафедрального собора Белостокской епархии Польской Православной Церкви. 21 сентября 1992 года начался многодневный крестный ход с мощами мученика младенца Гавриила от Покровского собора г. Гродно к Никольскому собору города Белостока.
В 1994 году по инициативе настоятеля Свято-Покровского собора протоиерея Геннадия Яблонского при храме начинает действовать воскресная школа и осуществляется первый набор.
Важным событием в церковной жизни города Гродно стало начало строительства на территории Свято-Покровского кафедрального собора первого после советского периода православного храма – церкви святой равноапостольной княгини Ольги. Этот храм был запланирован как многофункциональный, включающий в себя баптистерий и кабинеты епархиального управления.
Храм святой равноапостольной княгини Ольги был освящен 24 июля 1995 года. Этот день стал знаменательным как в истории Гродненской епархии, так и в истории Свято-Покровского кафедрального собора. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексей II в этот день прибыл в г. Гродно и совершил чин освящения новосооруженного Ольгинского храма.
В дар Свято-Покровскому кафедральному собору Святейший Патриарх преподнес металлический напрестольный оклад. Работами по сооружению храма руководила Ефимова Мария Андреевна, которая впоследствии стала Председателем приходского совета и старостой кафедрального Собора. Под ее руководством были выполнены основные ремонтно-строительные работы здания кафедрального Собора, здания приходского дома, прилегающей территории.
Общественные и политические трансформации этого периода с одной стороны дали Православной церкви свободу, но с другой стороны принесли немалые трудности экономического и социального характера, что непосредственно отражалось и на жизни прихода Покровского кафедрального собора.
1996 год стал началом нового этапа в истории Покровского кафедрального Собора. 14 февраля 1996 года на праздник Сретения Господня в гродненском Свято-Покровском соборе состоялась торжественная встреча нового архиерея - Преосвященнейшего Артемия (Кищенко), архиепископа Гродненско и Волковысского.
Жизнь прихода Свято-Покровского кафедрального собора получает новые импульсы. Своей главной задачей, наряду с восстановлением и развитием приходской инфраструктуры, новый архиерей видит в развитии духовного образования, молодежной работы, миссионерской деятельности. Штат соборного клира формируется из образованных, молодых и энергичных священнослужителей.
По благословению Преосвященнейго Артемия, епископа Гродненского и Волковысского, при Покровском соборе с 1996 года открываются миссионерско-катехизические курсы для взрослых с трехлетним курсом обучения. Эта инициатива находит широкий отклик среди прихожан храмов г. Гродно. Ежегодные наборы на курсы составляли более 100 человек.
В это же время активно развивается деятельность воскресной школы, количество учащихся в которой превышает 300 человек.
Преосвященнейший епископ Артемий полагает начало приходской библиотеке, передав для начального формирования библиотечного фонда несколько сотен книг из своего личного книжного собрания. По его благословению из приходского бюджета регулярно выделялись средства на приобретение новой литературы и периодики. Более тысячи человек стали читателями библиотеки Свято-Покровского кафедрального собора.
В 2001 году состоялось еще одно знаковое событие в жизни прихода. По благословению Преосвященнейшего Артемия было возрождено Свято-Софийское соборное братство, которое объединило молодежь кафедрального собора в общей молитве и деятельности.
Существенным для жизни прихода стала постепенная передача в собственность прихода здания по адресу Академическая 2, которое начало выполнять функции приходского дома. С просьбой передать названное здание в собственность Свято-Покровского кафедрального собора в органы власти обратился Преосвященнейший епископ Артемий. Решением губернатора Гродненской области Савченко В.Е. в 2007 году здание было передано на баланс Свято-Покровского собора. В 2008 году дом перешел в собственность прихода.
В последующие годы под руководством председателя Приходского совета Свято-Покровского кафедрального собора Ефимовой М.А. был проведен внешний ремонт здания, обустройство внутреннего двора и ремонт внутренних помещений.
28 ноября 2004 года почил настоятель Свято-Покровского кафедрального Собора протоиерей Геннадий Яблонский, который пользовался всеобщим уважением духовенства и прихожан. 30 ноября архиепископ Гродненский и Волковысский Артемий совершил Божественную литургию и чин погребения в Покровском кафедральном соборе города Гродно в сослужении многочисленных священнослужителей и при стечении множества прихожан. Протоиерей Геннадий Яблонский был похоронен на старом Гродненском кладбище.
Новым настоятелем собора был назначен протоиерей Александр Ноздрин, который до этого выполнял обязанности ключаря Покровского собора. Главной задачей нового настоятеля стало развитие пастырско-миссионерского служения, молодежной работы, духовного образования.
100-летняя годовщина со дня основания Свято-Покровского кафедрального Собора приходилась на 2007 год. Задолго до самой памятной даты началась серьезная подготовка к празднованию. По благословению епископа Гродненского и Волковысского Артемия, под руководством старосты Соборного прихода Ефимовой М.А. был проведен ремонт внутренних помещений храма, а также соборного фасада. Наиболее сложной оказалась работа по замене куполов и замене поддерживающих их конструкций. Свой 100-летний юбилей Покровский кафедральный собор встретил в обновленном виде.
Торжества, посвященные 100-летию Свято-Покровского кафедрального собора состоялись 14 октября 2007, в день празднования Покрова Пресвятой Владычицы Богородицы и Приснодевы Марии. Праздничную Божественную литургию в этот день в Кафедральном соборе возглавил Высокопреосвященнейший Филарет, Митрополит Минский и Слуцкий, Патриарший Экзарх всея Беларуси в сослужении Преосвященнейшего Артемия, епископа Гродненского и Волковысского; Преосвященнейшего Стефана, епископа Туровского и Мозырского; приглашенных священнослужителей и духовенства Гродненской епархии.
За литургией Владыка Филарет вручил экзаршую грамоту Свято-Покровскому собору. По завершении литургии с поздравлениями к прихожанам и духовенству обратился председатель Гродненского областного исполнительного комитета В.Е. Савченко. Затем состоялся торжественных Крестный ход вокруг храма, по окончании которого братчики Свято-Софийского молодежного братства преподнесли в подарок собору – икону Софии Премудрости Божией, написанную на средства, собранные молодежью к престольному празднику храма. Освящение иконы совершил Владыка Филарет.
Вечером того же дня в концертном зале Гродненской областной филармонии состоялся праздничный концерт, посвященный столетию Свято-Покровского кафедрального собора г.Гродно.
В год своего 110-летия Свято-Покровский кафедральный собор продолжает развитие традиций, берущих свое начало на Гродненской земле еще с XII века. Связывая свою историю и современность с древними православными храмами г. Гродно, община Свято-Покровского кафедрального собора видит своей задачей приобщение к этой традиции современных людей и ее передача будущим поколениям. Именно по этой причине в современной жизни Свято-Покровского кафедрального собора г. Гродно так много внимания уделяется духовному образованию. На сегодняшний день Свято-Покровский собор осуществляет целый ряд образовательных инициатив, востребованных православной общиной г. Гродно.